황만기는 우리 소화관에 약 100조 개의 미생물이 살고 있으며, 이 생태계 전체를 '장내 마이크로바이옴'이라 부른다고 설명한다. 단순히 소화를 돕는 존재가 아니라고 한다. 면역계의 약 70~75%가 장에 분포하고 신경전달물질의 약 90% 이상이 장에서 만들어지므로, 몸 전체를 조절하는 역할을 한다고 본다.

건강한 장에서는 Firmicutes와 Bacteroidetes가 전체의 약 90%를 차지하는 균형이 유지되고, 비피도박테리움 등이 함께 조화로운 생태계를 이룬다고 한다. 이 균형이 깨진 상태를 황만기는 '장내 미생물 불균형(Dysbiosis)'이라 부른다. 원인을 알기 어려운 만성 질환의 근원으로 학계의 관심을 받고 있다고 소개한다.

항생제가 문제로 꼽히는 이유에 대해 황만기는 항생제가 병원균을 제거하는 동시에 건강에 도움이 되는 유익균까지 광범위하게 파괴하기 때문이라고 설명한다. 그래서 항생제 남용을 현대인의 장내 미생물 불균형을 일으키는 핵심 원인 가운데 첫 번째로 든다.

글은 항생제 외에도 장내 생태계를 흔드는 요인이 있다고 짚는다. 만성 스트레스는 장 운동성을 떨어뜨리고 장 점막 투과성을 높이며 유익균을 줄인다. 고지방·고설탕 식단, 초가공식품, 섬유질 부족은 단쇄지방산을 만드는 유익균을 줄인다. 운동 부족, 수면 장애, 흡연, 음주도 미생물 다양성을 해치는 습관으로 언급된다.

영유아기와 관련해서는 제왕절개 분만과 모유 수유 부족이 요인으로 거론된다. 황만기는 자연분만 신생아가 산모의 질·대변 미생물에 노출되어 풍부한 마이크로바이옴을 형성하는 반면, 제왕절개 신생아는 초기 장내 미생물 구성이 달라진다고 설명한다. 원문은 항생제 복용 여부를 가르는 기준을 제시하지 않으므로, 개별 아이의 경우는 전문의와 상의해야 한다.